إبتهج المصريون بخروج الفرنسيين من مصر ولكنهم رأوا البلاد تموج بالقوات العثمانية التى كانت تضم أخلاطا من الجنود الأكراد و الألبانيين و الأتراك وغيرهم. وسرعان ما أصبحوا عوامل فوضى وإضطراب. حتى قرر زعماء الشعب وعلى رأسهم عمر مكرم عزل الوالى العثمانى وإختيار الألبانى محمد على بدلا منه. صحت عزيمة محمد على على البقاء فى مصر و التمسك بها وهذا هو الطابع الذى طبع تصرفاته سواء فى سياسته الداخلية أو الخارجية. فقام بإصلاحات عديدة إدارية وزراعية من أجل تقوية مصر. فتقدمت الزراعة فى عهده تقدما سريعا مما مهد الطريق لإصلاح الجيش حيث أدرك محمد على أهمية تكوين جيش نظامى قوى. وقد تطلب تكوين الجيش وجهاز الدولة الجديد مجموعة من المثقفين والمتعلمين فأوفد محمد على العشرات من الشبان المصريين الى أوروبا لدراسة العلوم الحربية والفنية والهندسية والزراعية والطب واللغات والحقوق. كما فتحت للمرة الأولى فى مصر المدارس العلمانية بجانب الأزهر والكتاتيب. وفى عام 1812 فتح محمد على لأول مرة فى مصر دار للطباعة، وصدرت أول جريدة مصرية هى الوقائع المصرية. وهكذا إستطاع محمد على بهذه الإصلاحات القضاء على مخلفات القرون الوسطى الأكثر رجعية وأنشأ جيشا وأسطولا قويا وجهاز للدولة لتساير مصر بموجب هذه الإصلاحات التقدم الأوروبى الحديث.